Domaine de recherche
Cancer, Génomique, réponse à l'immunothérapie, Génomique appliquée à la radiothérapie (Biomarqueur de réponse à la radiothérapie), Bio-informatique, l'Apprentissage automatique (« machine learning »)
Description des travaux
Les recherches du Dr Manem sont basées sur l'application de la bio-informatique translationnelle et des approches d'apprentissage automatique (machine learning) afin de mieux caractériser les mécanismes moléculaires du cancer dans le but de mettre au point des thérapies personnalisées basées sur la génomique. Ses travaux touchent deux axes bien définis qui représentent chacun un défi clinique majeur dans en oncologie de précision:
(i) Découverte de biomarqueurs immunitaires : Bien que les inhibiteurs des points de contrôle immunitaires (ICI) aient modifié la prise en charge thérapeutique du cancer du poumon non à petites cellules, leurs taux de réponse varient considérablement d'un patient à l'autre puisque seuls 20 à 30 % d'entre eux en bénéficient. À ce jour, il n'existe pas de biomarqueur qui permette de prédire avec certitude la réponse clinique aux ICIs. Cet axe de recherche vise, en utilisant des approches basées sur l'apprentissage automatique, à créer des biomarqueurs plus robustes et reproductibles afin de mieux identifier les patients qui vont répondre aux ICIs seuls de ceux qui bénéficieront de l'association d'une autre thérapie aux ICIs.
(ii) Génomique appliquée à la radiothérapie - Il s'agit d'un domaine nouveau et largement inexploré de la radio-oncologie de précision. La radiothérapie associée à des agents moléculaires a ouvert de nouvelles avenues en médecine de précision. Par exemple, l'index thérapeutique de la chimio-radiothérapie peut être amélioré en modulant l'administration de médicaments radio-sensibilisants selon le profil génétique de la tumeur de chaque patient. Le but de cet axe de recherche est de développer de nouvelles approches bio-informatiques pour construire des biomarqueurs de réponse à la radiothérapie et pour identifier de nouvelles combinaisons de chimio-radiothérapie. Les travaux menés dans cet axe de recherche visent à contribuer à faire entrer la médecine de précision dans le domaine de la radiothérapie.
Prix et distinctions
3- 1. FRQS Chercheurs boursiers - Junior 1 Scholar (2020-2024)
- 2. The immunoTherapy NeTwork Annual Meeting Travel Award (2017), Canada
- 3. Office of Research Trainees Travel Award (2017), Princess Margeret Cancer Center, Canada.
Publications
13- Bossé Y, Li Z, Xia J, Manem V, Carreras-Torres R, Gabriel A, Gaudreault N, Albanes D, Aldrich MC, Andrew A, Arnold S, Bickeböller H, Bojesen SE, Brennan P, Brunnstrom H, Caporaso N, Chen C, Christiani DC, Field JK, Goodman G, Grankvist K, Houlston R, Johansson M, Johansson M, Kiemeney LA, Lam S, Landi MT, Lazarus P, Le Marchand L, Liu G, Melander O, Rennert G, Risch A, Rosenberg SM, Schabath MB, Shete S, Song Z, Stevens VL, Tardon A, Wichmann HE, Woll P, Zienolddiny S, Obeidat M, Timens W, Hung RJ, Joubert P, Amos CI, McKay JD. Transcriptome-wide association study reveals candidate causal genes for lung cancer.. Int J Cancer 2020; 146(7):1862-1878.
- Kachuri L, Johansson M, Rashkin SR, Graff RE, Bossé Y, Manem V, Caporaso NE, Landi MT, Christiani DC, Vineis P, Liu G, Scelo G, Zaridze D, Shete SS, Albanes D, Aldrich MC, Tardón A, Rennert G, Chen C, Goodman GE, Doherty JA, Bickeböller H, Field JK, Davies MP, Dawn Teare M, Kiemeney LA, Bojesen SE, Haugen A, Zienolddiny S, Lam S, Le Marchand L, Cheng I, Schabath MB, Duell EJ, Andrew AS, Manjer J, Lazarus P, Arnold S, McKay JD, Emami NC, Warkentin MT, Brhane Y, Obeidat M, Martin RM, Relton C, Davey Smith G, Haycock PC, Amos CI, Brennan P, Witte JS, Hung RJ. Immune-mediated genetic pathways resulting in pulmonary function impairment increase lung cancer susceptibility.. Nat Commun 2020; 11(1):27.
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- Sorin M, Karimi E, Rezanejad M, Yu MW, Desharnais L, McDowell SAC, Doré S, Arabzadeh A, Breton V, Fiset B, Wei Y, Rayes R, Orain M, Coulombe F, Manem VSK, Gagne A, Quail DF, Joubert P, Spicer JD, Walsh LA. Single-cell spatial landscape of immunotherapy response reveals mechanisms of CXCL13 enhanced antitumor immunity.. J Immunother Cancer 2023; 11(2):005545.
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- Tonneau M, Phan K, Manem VSK, Low-Kam C, Dutil F, Kazandjian S, Vanderweyen D, Panasci J, Malo J, Coulombe F, Gagné A, Elkrief A, Belkaïd W, Di Jorio L, Orain M, Bouchard N, Muanza T, Rybicki FJ, Kafi K, Huntsman D, Joubert P, Chandelier F, Routy B. Generalization optimizing machine learning to improve CT scan radiomics and assess immune checkpoint inhibitors' response in non-small cell lung cancer: a multicenter cohort study.. Front Oncol 2023; 13(0):1196414.
- Yolchuyeva S, Giacomazzi E, Tonneau M, Lamaze F, Orain M, Coulombe F, Malo J, Belkaid W, Routy B, Joubert P, Manem VSK. Radiomics approaches to predict PD-L1 and PFS in advanced non-small cell lung patients treated with immunotherapy: a multi-institutional study.. Sci Rep 2023; 13(1):11065.
